同年，宪宗命孙继宗为监修官，彭时与李贤、陈文担任总裁官，参与编修《明英宗实录》。
成化元年（1465），彭时升任兵部尚书，仍兼学士之职。
成化二年（1466）秋，彭时请求回家省亲，至成化三年（1467）二月，宪宗下诏催他回朝。六月，彭时借四川、宣府、辽东发生地震之机，上疏陈奏六事，都与时政相关。八月，《明英宗实录》修成，彭时被加封为太子少保，兼文渊阁大学士。
成化四年（1468）四月，内阁首辅陈文去世，彭时接任首辅。同年六月，钱太后去世，周太后不愿钱太后与明英宗合葬。宪宗命太监夏时与怀恩召集辅臣，商议钱太后的丧葬事宜。彭时首先进言：“钱太后与先帝合葬裕陵，神主祔入太庙，这是先帝的遗愿，早已定了的事，还有什么可议？”魏元、康允韶、张公等人支持彭时。
次日，宪宗再召彭时等重议此事，彭时仍坚持前议。宪宗说：“朕难道不知道你说的这些吗？朕只是担心钱太后一旦入葬，就会使母后（周太后）难与先帝合葬裕陵。”彭时回答：“皇上对两宫太后都非常孝顺，圣德广为传闻。合乎礼仪，便能成全孝义之名。”内阁重臣商辂及大学士刘定之也相继劝说宪宗。宪宗说：“连母亲的命令都不听了，还能算孝顺儿子吗？”彭时向宪宗建议：“可以将钱太后葬于先帝之左，虚右位以待周太后将来。”
彭时与商辂、刘定之后来又联名上疏说：“太后作配先帝，正位中宫，陛下尊她为太后，下诏宣示天下。先帝全夫妇之伦，陛下尽母子之爱，都得大义。现在太后梓宫应当合葬裕陵，她的神主应当附祭太庙，这是无可更改之礼。近来听说要另择圣地埋葬太后，臣等实是心怀疑惧。我们私下以为陛下之所以迟疑，是因为考虑到当今皇太后万寿之后，应当与先帝同尊，因此担心二后并配先帝，不合祖宗规制。但考之古代，汉文帝尊生母薄太后，而吕后仍附祭长陵。宋仁宗追尊生母李宸妃，而刘后仍附祭太庙。现在如果陵庙规制稍有不合适，则会有背前人之美，受后人讥笑。”礼部尚书姚夔等九十九位廷臣也同意钱太后与英宗合葬。宪宗仍担心违背周太后的意志，此后更发出为钱太后另择葬地的谕旨。姚夔等两百余名朝臣一起伏在文华门哭请，宪宗下令群臣止哭退去，群臣叩头拒命，声言：“不得钱太后与英宗合葬旨意，绝不敢退下。”群臣自巳时（上午九点至十一点）跪至申时（下午三点至五点）。宪宗与周太后无可奈何，这才听从了彭时等人的积极建议。
成化五年（1469），彭时因患病请假。过了三个月，宪宗催他到内阁办事，免予朝参。同年冬，无雪。彭时上疏说：“光禄寺采办，各个城门抽税，都严重搜刮。而献上珍珠宝石的人，又加倍估算它的价值，掠取国库财物。请革除这些弊端，以惠小民。”宪宗优诏褒奖他，并采纳了他的建议。
畿辅地区以及山东、河南干旱，彭时请免除夏税和盐钞，以及太仆寺索赔损失的官马；京师米贵，请发出仓库储米五十万石来平卖。宪宗听从采纳。彭时遇事毫不回避，他总能给宪宗积极建议。而那时候宪宗怠于政事，大臣很少得到召见。万安同在内阁，交结显贵的宦官和外戚，使君臣上下隔绝，彭时对此颇为担忧。
成化七年（1471），彭时再次发病，又请求致仕。宪宗安慰挽留，彭时无法离去。同年冬，彗星再次出现，彭时因而上书论关于为政之本的七件要事:
一，不要惑于佛事，浪费金钱；
二，传圣旨专门委任司礼监，不要再任别的人，以防作弊；
三，召见大臣议论政事；
四，对近幸之人赐给太多，工匠冒官太滥，而犯重罪判死刑和流放的人，又不尽合法，应戒除滥加刑赏；
五，虚心接受劝谏，不要厌恶恳切的直言；
六，告诫廷臣不要模棱两可，凡是政令失当，应该直言论奏；
七，清理牧马草地，减少权势要人的庄田。
因为彭时的七点意见都切中时弊，所以宪宗只好答应逐步解决。
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