广西回来后，宪宗皇帝已经驾崩，太子朱祐樘在1487年的十月登基称帝。庙号孝宗，年号弘治。
弘治年间，朱钦先后出任山东按察副使、浙江按察使。弘治十五年（1502），吏部表彰6位政绩卓异的大臣，朱钦属其一。同年，他入京晋见孝宗，佥都御史林俊举荐他接替自己的职务，于是，孝宗提升他为湖广左布政使。在湖广的这段时间里，他依然雷厉风行，此间也得罪了不少权贵。
1504年的冬至，已是太皇太后的周氏，将自己的遗嘱交给她的曾孙朱厚照，因她知道皇孙朱祐樘命不长矣，她在遗嘱上，要求曾孙重用刘瑾，朱厚照见曾祖母上气不接下气，连忙承诺，一定照办。
果然，周氏离世还不到一年，孝宗朱祐樘便撒手人寰，他虽然创造了“弘治中兴”，可却中年离世，只能把江山交给太子朱厚照。孝宗在临终前，他要求儿子依照祖父和父亲的做法，将福建邵武芹田朱家视为皇室宗亲，朱厚照见父亲就要断气，他无奈点头，一定照办。
可父皇去世还没过一个月，朱厚照就听了刘瑾的怂恿、挑拨，将朱钦的皇室待遇全部取消，还处处设防，为难朱钦。
朱厚照登基后，庙号武宗，年号正德。武宗即位后，已是掌司礼监的刘瑾专权，他打击异己，暗杀同类梁芳，与马永成、高凤、罗祥、魏彬、丘聚、谷大用、张永一起以旧恩获得明武宗的宠幸，人称正德“八虎”。他还指派亲信到山东，向当地官员强收彩缎五百匹。而此时的朱钦正以右副都御史巡抚山东，获悉此事怒斥道“吾闻惟正之供耳，未闻剥民以贿奸也”，责令地方官拒付。因此，触怒了刘瑾。不久，中官王岳被贬，当刘瑾得知朱钦和他关系非凡的讯息后，便把他立即押送到临清（今山东临清）处死。朱钦愤然上书，为旧时同学王岳申辩。王岳因此逃过一劫。从此，刘瑾对朱钦的结怨便深上加深，朱钦认为山东人喜欢酗酒闹事，下令严禁卖酒，派济南（今山东济南市）推官张元魁监察此事，有违犯的，诛连里邻。由于下属官吏在执行中过于严厉苛刻，以致发生一起因恐惧而自缢的事件，死者的母亲准备上诉。为了避免事态扩大，张元魁和知府赵璜，用重金买通死者家属，企图掩盖自己的过失。刘瑾侦悉此事后，便向朝廷检举，下令逮捕朱钦等3人。嗣后，勒令朱钦引退，赵璜除名，把张元魁流放到边远地区。至此刘瑾还不解恨，他又抓住朱钦在湖广时的一些小故和他在曲阜（今山东曲阜县）修缮孔庙时的“靡费过失”，把他逮交巡按御史严厉审问，从此朱钦被削职为民。
朱钦在武宗时期遭到了一系列打击，直到刘瑾受诛后才官复原职，于正德十五年（1520）病故，享年77岁，葬在邵武城南曾保坑。
喜欢情殇大明请大家收藏：(m.75zw.com)情殇大明起舞中文更新速度全网最快。