1991年，由于藏在古灵阁713号金库的魔法石安全受到威胁，校长阿不思·邓布利多将魔法石转移到了霍格沃茨四楼靠右侧走廊下方的密室里，并与其他老师一起设置了防御机关。但时任黑魔法防御术教师奎里纳斯·奇洛（已成为黑巫师，并被伏地魔附身）还是突破了其他老师设置的所有防御机关，而受阻于阿不思·邓布利多亲自布下的厄里斯魔镜前。一年级学生哈利·波特与两个朋友罗恩·韦斯莱、赫敏·格兰杰一起合作，穿越众多机关。哈利·波特与奎里纳斯·奇洛搏斗并守住魔法石，但自己也险些丧命。后来阿不思·邓布利多赶到，救下哈利·波特。魔法石则按照阿不思·邓布利多和尼可·勒梅的意愿被销毁。
1992年，在汤姆·里德尔的日记的影响之下，金妮·韦斯莱被汤姆·里德尔的记忆迷惑，密室由金妮·韦斯莱第二次打开。密室中的怪物袭击并石化了四名麻瓜出身的学生、格兰芬多幽灵“差点没头的尼克”和哑炮管理员阿格斯·费尔奇的猫洛丽丝夫人。原来是卢修斯·马尔福偷偷将汤姆·里德尔的日记放在她的变形术课本里，借此诬陷她的父亲亚瑟·韦斯莱，使亚瑟·韦斯莱出台的麻瓜保护法被否决。但是，哈利·波特和罗恩·韦斯莱发现了真相。哈利·波特摧毁了日记，杀死了密室中的蛇怪，还救出了被汤姆·里德尔的记忆控制进入密室的金妮·韦斯莱。而在校医波比·庞弗雷夫人和草药学教师波莫娜·斯普劳特教授的帮助下，所有被蛇怪石化的人、幽灵和动物都被成功救活。
1993年，由于魔法部认为小天狼星·布莱克逃出巫师监狱阿兹卡班是为了潜入霍格沃茨杀死哈利·波特，所以派遣大批摄魂怪进驻霍格沃茨，而霍格沃茨本身也加强了各种安全措施。但小天狼星·布莱克仍然潜入（因为小天狼星·布莱克是阿尼玛格斯），并躲藏在霍格莫德的尖叫棚屋。之后哈利·波特、罗恩·韦斯莱、赫敏·格兰杰三人同当时的黑魔法防御术教授莱姆斯·卢平（狼人）发现小天狼星·布莱克是无辜的，真正出卖了哈利·波特父母的泄密者是小矮星彼得（阿尼玛格斯），哈利·波特等人抓住了变成老鼠斑斑的小矮星彼得，但当时恰好是月圆之夜，莱姆斯·卢平变身成为狼人，小矮星彼得乘机逃走。后来魔药学教授西弗勒斯·斯内普苏醒后，将哈利·波特等三人和小天狼星·布莱克运回城堡，准备将小天狼星·布莱克交给摄魂怪进行“亲吻”。但是校长阿不思·邓布利多教授相信了哈利·波特和赫敏·格兰杰的说辞，让两人通过时间转换器回到过去，救下将被处决的鹰头马身有翼兽巴克比克。随后哈利·波特用呼神护卫驱逐了大批摄魂怪，救了原来的自己，又和赫敏·格兰杰一起骑上巴克比克，救出小天狼星·布莱克，让他骑着巴克比克逃走了。
1994年，三强争霸赛复办，其中加上了额外几项安全措施，最重要的一项是年龄未满17周岁的学生一律不得参赛。但是，小巴蒂·克劳奇利用复方汤剂伪装成时任黑魔法防御术的教授阿拉斯托·穆迪，将真阿拉斯托·穆迪塞进了他自己的行李箱里。小巴蒂·克劳奇用混淆咒迷惑了火焰杯，将哈利·波特的名字投入火焰杯中，并使他被火焰杯选上。结果，哈利·波特成为了第四个参赛者，同时面对布斯巴顿魔法学校学生、德姆斯特朗魔法学校学生及许多霍格沃茨学生的憎恶。小巴蒂·克劳奇利用种种手段帮助哈利·波特赢得比赛，最后将三强杯变成门钥匙，使哈利·波特和霍格沃茨另外一位勇士塞德里克·迪戈里一触摸奖杯就被送到伏地魔手上。塞德里克·迪戈里惨遭小矮星彼得的杀害，而伏地魔成功利用哈利·波特的血液制成特殊魔药重新恢复肉身。经过一番恶斗后，哈利·波特把塞德里克·迪戈里的遗体带回霍格沃茨学校，小巴蒂·克劳奇见状，意图杀害哈利·波特，结果被阿不思·邓布利多击昏。哈利·波特的陈述和小巴蒂·克劳奇的供词使阿不思·邓布利多知晓了伏地魔成功恢复肉身的消息，但魔法部长康奈利·福吉却拒绝相信，导致阿不思·邓布利多和康奈利·福吉决裂。
1995年，魔法部开始诋毁、抹黑阿不思·邓布利多。多洛雷斯·乌姆里奇，新任黑魔法防御术教师，是这个计划的中心。按照魔法部的指令，多洛雷斯·乌姆里奇在黑魔法防御术教学中，拒绝向学生教授防御符咒的内容，同时蓄意惩罚哈利·波特。在赫敏·格兰杰的谋划下，哈利·波特成立了邓布利多军（简称D.A.），带领一些学生学习被魔法部禁止学生学习的防御符咒。在一连串的教育令之下，多洛雷斯·乌姆里奇出任霍格沃茨高级调查官，慢慢地接管了霍格沃茨学校的各项事务。由于D.A.内部成员的背叛，多洛雷斯·乌姆里奇抓住了D.A.的领头人哈利·波特，阿不思·邓布利多替哈利·波特揽下罪责并逃离霍格沃茨。魔法部通缉阿不思·邓布利多，并由多洛雷斯·乌姆里奇替换阿不思·邓布利多成为校长（但未被学校承认，导致多洛雷斯·乌姆里奇无法进入校长办公室）。之后，她在禁林被马人攻击并虏获。神秘事务司之战后，魔法部长康奈利·福吉接受伏地魔回来了的事实，多洛雷斯·乌姆里奇被停职，阿不思·邓布利多重任校长。
小主，这个章节后面还有哦^.^，请点击下一页继续阅读，后面更精彩！