1856年的新年才开始，南丁格尔的健康状况更加不好了。她患了耳疾、慢性喉头炎，又受到失眠的折磨，所以经常在寒冷的深夜，怀抱着挫败感在斗室中踱来踱去。
南丁格尔工作的情形，完全超出了一般人理解的程度。和她一起工作的玛依姑妈说：“我真不敢相信，她怎么能够不眠不休地处理那么多事情！”
饮食、气候、睡眠绝对不能妨碍南丁格尔的工作，即使是在酷寒的严冬，她也照样平静沉着、从容自若，一点儿也不受影响。但这毕竟只是她坚毅的外表，许多时候，一旦稍事歇息，她却往往疲惫得像是要晕倒一样。
1856年1月，曾经负责军队物资补给实情的两个调查团，提出了最后的报告，确认了南丁格尔与史得尼·赫伯特的报告，即战争期间在塞瓦斯托波尔的英军所遭受物资支援不力的事情，原是可以避免的，但却由于军事当局的官僚推诿、漠不关心的作风，而造成灾害的事实。
这份报告十分公正客观，文中还提及了一些敷衍塞责的将官，并指责他们不负责任。当这份报告书被提出之后，终于引起了风暴似的回响。陆军部大臣在伦敦随即召开将官会议，给那些被列名指责的将官辩白的机会，而那些人为了洗脱罪名，也不择手段地开始活动。
结果在会议举行之后，新的将领授勋升迁被发布出来。陆军部军官本杰明，这位曾经千方百计想控诉南丁格尔的反对派，竟被授予芭茲勋位。霍尔爵士竟摇身一变，成了约翰·霍尔博士。他还在伦敦散发一份关于南丁格尔小姐的“秘密报告”。
这份报告系由克里米亚的军需官起草，内容尽是些对南丁格尔和她的护士们的莫须有的捏造和恶意诽谤。同时他们还大肆渲染索尔兹伯里女士编造的谎话。那位玛丽·斯坦利，这时则一面同南丁格尔小姐通信表示忠诚的友谊，一面又忙着四处散布谣言。布里奇曼院长和霍尔博士原来的心腹们又公开扬言，要把南丁格尔从克里米亚清除出去。
当南丁格尔得知，这些与她百般敌对的人一个个被授勋，而未被审判惩罚之后，内心燃起一股不平之火：“公平正义的力量何在？”
“我亲眼所见所闻的灾害和不幸，叫我怎么能为这样的结局心平？而那些在泥水中死去的士兵们会怎么说？那些无辜遭难却牺牲自己的士兵们又会怎么说？叫我们如何咽得下这口气？”
南丁格尔小姐很早就给陆军部写了报告，向驻克里米亚的军事当局要求用电报重新确认她在东方远征军中的职权。但很长时间过去了，这个命令依然未到。
3月里，陆路运输团请她派遣10名护士前往巴拉克拉瓦协助工作，她一时竟惶惑起来，不知该如何是好。至于那位约翰·霍尔博士近来则有些反常。这次他一面否认与“秘密报告”有任何牵连，一面又假惺惺地写了一封殷勤的信给南丁格尔小姐，请她亲自带领护士前往医院。
南丁格尔小姐接受了，但对霍尔博士的好意她并未抱任何幻想。
所以临行前，她嘱咐护士们把自己需要的一切用品全部带齐，包括粮食和炊具。
出发去巴拉克拉瓦那天，委任令刚好到达克里米亚。而且，重新确认的权限远远地超过了她的预想。
原来，这项委任令的由来还有一段不寻常的经历。还是在1855
年10月，有位自称勒弗罗伊上校的人来过战地医院，先在斯卡特里，后来又在克里米亚逗留了一段时间。此人原来是新任的陆军部大臣潘穆尔勋爵派来的密使，任务是查访战地医院的真实情况，然后直接向陆军部大臣作出负责任的报告。这位勒弗罗伊上校于2月回国了。
勒弗罗伊上校经过细致的查访后，对南丁格尔小姐牵涉的所谓“礼品案件”十分不平，并热心地催促早日公正地处理此案。
南丁格尔小姐本来只要求政府重新确认她原有的使命和委任，而勒弗罗伊在给政府提供的详细报告后则明确要求：在前线总司令颁发的日常命令上，除了总司令官签名外，也应当同时签署南丁格尔小姐的名字，每日发送到各驻地兵营、食堂张贴。这项提议果然被陆军采纳了，潘穆尔勋爵以陆军部大臣的名义向前线指挥官发了一道命令，并要求向全体官兵传达。
命令内容如下：
这份公文由陆军大臣直接发送给陆军司令官，希望视同一般命令被公布。经由这份电文，本大臣已正式肯定南丁格尔的地位，可是本地陆军当局似乎尚未完全理解，所以本大臣认为有必要让军医当局及全军人员知道，这位有优异表现的女士具有怎样的地位，并作适当的扼要的说明。
南丁格尔是在女王陛下的政府中，被认为是英国陆军医院女性护士队的最高指挥官，拥有最高的监督权。任何护士或修女在医院的职务及所属单位，如果未经她的许可，不得任意变更。不过，她所有的命令在施行之前，也必须要和军医总监取得协议，而军医总监对于一切有关女性护士队的事情，也都必须事先通知南丁格尔，所有有关的决议都必须经过南丁格尔小姐来下发命令。
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