虽然张汶祥死了，但对于刺马缘由的记载，每个人的说法都不一样，纷纷扬扬。一个当时的上元县书吏胡翁，后来谈起马新贻见色杀友的这段案情，描绘得非常真切，张相文因此概括说：“大抵社会上的说法与胡翁的相同；官场上的说法则和奏章相同，所谓官样文章者乎？”曾国藩则是这篇官样文章的最后审定者！同治十一年九月十七日，王运在给朱香孙的信中这样说：“吾等局外，不妨私议。试以尊意报我，无若郑尚书屈杀张汶祥也。”其实，如果说曾国藩“屈杀张汶祥”又何尝不对呢？
二、鞠躬尽瘁，孜孜不倦
曾国藩第三次任两江总督，从他接任算起直到他逝世，才有一年零三个月的时间。
他虽然“内疚神明，外惭清议”，感到非常忧郁，又患眩晕、目疾、肝风等病，身体已经到了十分衰弱的程度，但他这个人终究还是重视修养，严于律己，有责任感的，故他就任两江总督的时候，依然孜孜不倦，夜以继日地工作。
一年中，他所做的工作非常多。
他首先抓紧进行练兵。清制本定期对各绿营进行检阅，但江苏通省水陆各营大阅大典，自道光三十年以后，一直都没有举行过；东南用兵有十几年了，绿营却没派上用场。因此，曾国藩自同治十年八月十二日起，到十月十五日止，历扬州、徐州、清江、镇江、常州、苏州、福山、吴淞口、松江等地，对绿营进行了检阅，挑出一些湘勇用于训练或防守，共六十二营及水师十一营。一个右眼失明的垂垂老者，长达两个月的时间里都在江淮之上奔波，诚然是用心良苦，也足以表明他有着非常坚强的意志。
他在检阅中深感江苏全省可以依恃的兵勇实在是太少了，“兵数则原额三万三千四百名有奇，现存二万四千二百名有奇，其中多寡参差不一，有已逾原额之半者，有不及原额三分之一者。兵数较多之营演阵，尚有可观，其畸零不成队者，数营合操，仍难整齐，缓急殊不足恃”。他在奏折中把应该改革的旧制归结为四点：一、担当护饷、押犯、缉捕等差役的，不应该用太多的兵力，担当习技、练阵、听令等事的，兵力应该多而且集中，以专责成，不能再如以往一样，把差、操两类兵混为一谈。二、绿营饷银不足，“即使照数满发，犹不足以供事畜之资。而各省司库支绌，尚有只发七成、八成者”，所以会有“兵丁或小贸营生，或手艺糊口，应名充数，出征则漫无斗志，毫不足恃”这样的结果；练兵虽已加饷，但如果加饷却不裁军，那么军饷是不能够维持很长时间的。三、对鸟枪门药的使用应该逐步减少，“恐不能不全用洋枪，而各项器械亦有当用洋制者”。四、水师仍有用马战守者，实在是与水师的名称不相符。“既号水师，即宜居住舟中，官兵皆以狎水为能”，“以船为家，但可兼操陆队，不复分管陆汛”。且各省都应该筹备资金用于造船。江苏的兵员情况以及四种旧制，实际上当时这种情况在全国各省都存在，所以是非常典型的。曾国藩的这些改革措施，如果能逐一实行，清兵的战斗力一定会得到很大提高，从防内为主转向抵御外敌。可惜当时的清政府已腐败不堪，又有几个人能像曾国藩那样头脑清醒呢？
在曾国藩镇压太平天国的过程中，水师发挥了很大作用。对付来自海上的外侮，依靠水师也是唯一的出路。故他对水师的建设非常重视，于同治七年十一月初四日曾专折具陈议对江苏水师章程进行修改，后经马新贻等修改完善。在曾国藩逝世前的四十天，即同治十年十二月二十二日，又续写了二十一条江苏水师章程，对水师的巡哨范围、如何添造与配置船只枪炮、炮台的管辖，如何配合陆军、官兵的数目、粮饷与惩处等等，没有一项考虑的不周详的，为后来建成的南洋水师和北洋水师的指导思想和营规营制奠定了基础。
曾国藩在他的暮年，除亲自到达上海对新造的轮船进行察看以外，还与李鸿章一起，奏请朝廷派了一批青年到美国学习科技知识。
为自卫而训练兵勇，为自强而学习西方，这就是这位“老成持重”、“百僚是式”的曾国藩在政治上的远见。他在镇压太平天国后地位得到了很大的提升，在处理天津教案中却又成为了时代的牺牲品，而在建设军队与向西方学习时则走在了时代的前列。在金陵时的曾国藩，还对吏治、河道、海运、盐政等事务非常关注，还预筹与日本通商修约章程，又在上海与奥斯马加国换约，总是在忙忙碌碌地工作，真可以算得上是为国忘躯。
曾国藩一生都非常注重自我修养、自我完善，在暮年更加注意对自己进行批判和苛责。他最后的一封家书中是这样写的：“宦途险峻，在官一日，即一日在风波之中，能妥帖登岸者实不易。”这句洞彻千古官场之言，也就是他一生小心翼翼的原因所在。他对国家非常忠诚，常以“圣教”要求自己，在家书中他进行了自述：“吾自问服官三十余年，无一毫德泽及人，且愆咎丛积，恐罚及于后裔。老年痛自惩责，思盖前愆。望两弟于吾之过失时寄箴言。”当他听到有关长江水师士卒敲诈勒索的一些传闻时，就提高了自己的警惕，非常重视这件事情，在给家乡的弟弟写的信中说：“长江水师，外间啧有烦言。或谓遇民间有骨牌、字牌者，则以拿赌讹索，得数千或千余文，乃肯释放。或以查拿私盐、查拿小钱、搜索民舟及附近人家，讹钱释放。夜索打更之灯油钱。民船拉纤，不许在炮船桅上盖过。干预词讼，至有哨官棍责举人者。甚且包庇私盐、袒护劫盗种种弊端。余设立水师，不能为长江除害，乃反为长江生害。两弟在省时，亦常闻此等闲话否？如有所闻，望详细告我。”只用这一个例子，就可以看到他如何严厉地管理自己的部下，管理自己。济济百官，天下能有几人像他这样！
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