东汉王朝后半段的百年间，朝廷里外戚和宦官急着夺权，地方豪族则忙着兼并土地及累积财富。贫富悬殊严重，破产的农民流浪四方，被饥馑及穷困追着四处跑。在以农立国的中国古代社会，农民失去田地，流漓失所，势必成为导致社会动荡的不利因素。
顺帝以后的二十年间，无法生存而流亡各地的贫民，不得不揭竿起义，争取最起码的生存空间。但传统的史书，例如《后汉书》及《资治通鉴》等，大多以“妖贼”或“盗贼”称之，其实是非常不公平的。
刘备的宿敌曹操，在平定兖州后，曾将三十余万黄巾军收编为“青州军”，可以说是第一个以同情立场面对农民起义的政治领袖。
这些农民起义的领导者，大多带有浓厚的宗教色彩，他们分别被称为“无上将军”“黄帝”或“黑帝”，组织庞大而松懈，全靠宗教力量结合。
在这一系列的起义事件中，以灵帝中平元年（公元184年）的黄巾起义规模最大，影响也最深。
黄巾党人的领袖是巨鹿人（河北省南部）张角，是位非常有名的民间密医，以神秘的宗教医术医疗患病的农民。
张角的治疗法，是让患者先进行自我罪行告解，再以符咒浸入饮之。先不问其效果如何，至少可以看出张角的治病是宗教性大于医疗性的。
这样的治病法，即使在21世纪初的今天仍到处流行着。在医学不发达的当时，影响力自然更大了。
张角的弟子遍布全国各地，都擅长这种神水医疗术，由于碰到苦难当头的年代，信仰者急速膨胀，总称为“太平道”。
用张角自己的说法，他曾在深山中，得到仙人传授的《太平清领书》，嘱咐他推展太平道以救世。
在数十年间，以青州（现山东省）为中心，遍布冀、徐、荆、扬、兖、豫等州，张角拥有数十万信徒，盘距在十三州中的三分之二江山。
到了光和年间，太平道的影响力，已不止于下阶层的农民，不少地主、富豪，甚至于官僚也趋之若鹜。
依《后汉书》记载，执宦官主流派牛耳的太常侍张让，便与张角有相当密切的来往。
眼见太平道急速发展，朝廷有志之士自然产生了危机意识。清流派的杨赐，首先上书主张一方面招抚流民，给予土地耕种，以安定其生活，一方面搜捕太平道在各地的领袖，以削弱其组织力量。刘陶、乐松、袁贵等也联名上书灵帝，主张逮捕张角，以免事件继续扩大。
由于亲太平道的宦官一再阻止，灵帝在软硬政策间举棋不定，终于消息外泄，反而使张角加速强化其组织。
不久，张角便将全国信徒分为三十六“方”，大“方”编组万余人，小“方”也有六七千人，每方均由直属子弟统领指挥。张角自称“天公将军”，并封其弟张宝为“地公将军”，张梁为“人公将军”，共同统率着三十六万人马。
灵帝中平元年，张角向信徒宣布：“苍天已死，黄天当立，岁在甲子，天下大吉。”当年正好是甲子年，是六十年干支岁月的重新开始。张角决定在当年三月五日，发动各地的三十六万信徒同时起义。
依照华夏传说的五行思想，金、木、水、火、土的循环理论，汉王朝属火德，克火者土，因此代替汉王朝者应属土德。黄土高原和黄土平原的土都是黄色的，所以太平道信徒均以黄色头巾为标志，这也是黄巾党人的由来。
负责攻打洛阳的大方马元义，行动不够谨慎，二月便事泄被捕，同行的信徒有数千人遇害。灵帝到此才恍然大悟，发出逮捕张角的通缉令。
迫不得已，张角会同两位弟弟，提早一个月起义。虽然准备不足，但仍有七州二十八郡响应，头裹黄色头巾的党人，攻击官府，占领田园，不少郡县官吏闻风而逃，《后汉书·皇甫嵩传》记载：“旬日之间，天下响应，京师震动。”
黄巾党人的主要战场，在洛阳附近的颍川地区，北起冀州西南区，南至南阳一带。
朝廷以何皇后之兄何进为河南尹，负责攻防总指挥，实际负责作战的是司隶军区中最精锐的师团，分别由左中郎将皇甫嵩、右中郎将朱俊、北中郎将卢植率领。
在《三国演义》中，第一章回便是刘备在涿郡募集民团，响应政府号召，共同对抗黄巾军的情节。刘备在此认识关羽和张飞，留下了“桃园三结义”的千古美谈。
起义初期，黄巾军声势浩大，张角和卢植大战于冀州，卢植大军寡不敌众，被迫向南撤退。
防守在颍川附近的朱俊大军亦遭击退，南阳太守甚至在会战中阵亡。
为了保护京城洛阳，皇甫嵩将主力部队布防在颍川附近。张角以数万兵马层层包围，皇甫嵩亲往前线视察，他看到黄巾军均以茅草结营，乃趁夜色掩护，以火攻战术突击，张角大军大乱，布防在颍川南岸的朱俊大军也趁机反攻，洛阳方面前来救援的典军校尉曹操，率领骑兵部队及时赶到，三方面夹击下，黄巾军大败，死伤高达数万人，这也是朝廷部队第一次成功阻挡黄巾军攻击的正式记录。
灵帝中平元年八月，张角病死；十月，人公将军张梁的大军在颍川附近中了皇甫嵩的埋伏，死伤三万余人，张梁本人也在溃败中遭到击杀；十一月，地公将军张宝也战死在南阳会战中，黄巾军的主力部队，到此被完全歼灭。
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