当时严嵩专权，徐阶起初不肯依附严嵩。于是严嵩经常在皇帝面前说他的坏话。徐阶的处境一度十分危险，这使他认识到不能以卵击石，于是他改变策略，事事顺着严嵩，从不与他争执。为了得到他的信任，还把自己的孙女嫁给严嵩的孙子，表面上十分恭顺。严嵩的儿子严世蕃十分霸道，多次对他无礼，他也忍气吞声。同时，徐阶向嘉靖帝靠拢，专门挑皇帝喜欢的话说，终于讨得嘉靖帝的喜欢，不久，加徐阶少保头衔，接着兼任文渊阁大学士，进入内阁，参预机务。后来他密奏咸宁侯仇鸾罪状，使嘉靖帝杀掉仇鸾，得到皇上的信任，加太子太师头衔，地位进一步提高，仅次于严嵩。后来嘉靖帝居住的永寿宫发生火灾，暂时住到了玉熙殿，但是这里地方太小，于是嘉靖想营建新宫殿。他问严嵩，严嵩请求他回到大内住，嘉靖帝很不乐意。然后问徐阶，徐阶猜透了嘉靖的心思，于是建议用被烧毁宫殿的剩余材料，营建新的宫殿，他的建议得到嘉靖帝的赞同。后来由他主持建造成万寿宫，嘉靖搬了进去。徐阶因此加封少师，兼支尚书俸，而严嵩渐渐被皇帝冷落。
严嵩被勒令退休后，徐阶亲自到严嵩家去安慰。他的行为使严嵩十分感动，甚至叩头致谢。严世蕃也乞求徐阶替他们在皇上面前说情，徐阶满口答应。徐阶回到家里后，他的儿子徐番迷惑不解地问:你受了严家父子那么多年的气，现在总算到了出气的时候了，你怎么这样对待他们?徐佯装生气骂徐番说:没有严家就没有我的今天，现在严家有难，我恩将仇报，会被人耻笑的。严嵩派人探听到这一情况，信以为真，严世蕃也说:徐老对我们没有坏心。其实，徐阶这样做是因为他看出皇上对严嵩还存有眷恋，而皇上又是个反复无常的人，严嵩的爪牙还在四处活动，时机还不成熟。后来，嘉靖帝果然后悔，想重新召回严嵩，在徐阶的力劝下，才打消了这个念头。
徐阶继任首辅之后，大力革除严嵩弊政，十分注重选拔，他先后举荐高拱、张居正等人进入内阁。他十分爱惜人才，大力营救因上疏指责皇帝过失而被定死罪的户部主事海瑞。他还十分勤政，凡是皇上交给的任务，即使一夜不睡，也要准时完成，因此他更得嘉靖的赏识。同时，他还经常劝说皇帝停止动辄捕杀边镇大臣的做法，缇骑因此省减，诏狱渐少。后来因为指挥明军抵挡蒙古骑兵南下有功，升为建极殿大学士。
嘉靖帝朱厚熜死后，徐阶起草遗诏，将大礼议中因反对嘉靖帝而获罪的大臣全部平反，存者招用，死者优恤。诏书颁布的那天，许多大臣感激涕零。徐阶执政期间，还减轻百姓负担，清理盐税。景王死后，他上奏将景王霸占的陂田数万顷给了百姓，使老百姓欢欣鼓舞、奔走相告。他还废除朝中的许多浪费项目，尤其是皇帝信奉道教的开支。他的做法，得到朝中上下的拥护，人们称他为名相。由于穆宗行为荒诞不经，徐阶经常劝阻他，穆宗十分厌烦。徐阶很失望，于是上疏请求退休。正好给事中张齐因为私人恩怨弹劾他。于是穆宗乘机允许他退休回家。朝中百官纷纷上奏章请求留下徐阶，但是穆宗说什么也不同意。徐阶退休回家后，自己的子弟横行乡里，大量购置田产，徐家占地多达二十四万亩，加上他的子弟、家奴为非作歹，致使告他的状纸堆积如山。应天巡抚海瑞、兵宪蔡国熙秉公办案，惩治了他的家人。徐阶用三万两黄金贿赂给事戴凤翔，又通过张居正命令给事陈三谟罢免了海瑞和蔡国熙。所以当时人称他:家居之罢相，能逐朝廷之风宪，有人因此把他称为权奸。徐阶80岁高龄，皇帝专程派人前去慰问，并赐玺书、金币。第二年，徐阶病死。赠太师，谥文贞。用直白的语言宣称:我要拨乱反正，把威权和福祉归还皇帝，把政务归还政府各部门，把官员的任免与奖惩归还公众舆论。这三句话可以看作是他的施政纲领，目的在于改变严氏父子专擅朝政的局面。意图是很明显的，他要向朝廷上下表明，不想成为严嵩第二，一定要反其道而行之。
徐阶成为内阁首辅以后，就和严嵩反其道而行之，邀请内阁次辅袁炜一起办公，共同为皇帝票拟谕旨。皇帝知道了，认为不妥，认为只要首辅一人票拟即可。徐阶向皇帝解释，事情出于众人合议比较公正，而公正是所有美德的基础;独断专行就是自私，而自私会导致百弊丛生。皇帝听了表示同意。当时言官竭力抨击勾结严氏父子的大臣，皇帝对此很反感。徐阶委婉曲折地做出解释，缓解了他的怒气，保护了那些言官。
徐阶引用门生张居正为裕王讲学，使日后的权力交接显得更为顺利。
他推心置腹地敦请严讷出任吏部尚书，整顿颓败已极的吏治。谈到严讷出掌吏部，为了扭转严嵩造成的吏道污杂局面，与同僚约法三章:一、谈公事到吏部衙门，不得到他的私宅;二、慎重选择吏部的中层官员--郎中、主事，杜绝开后门、通路子，用当时的话表述，就是务抑奔竞;三、选拔人才不要拘泥于资格，即使是州县小吏，只要政绩优异，应该破格提升。在他的努力下，改变了先前吏道污杂的状况，出现了铨政一新的面貌。这与徐阶的大力支持是分不开的，严讷深有感触的说:吏部尚书与内阁首辅必须同心同德，事情才办得好，我掌管吏部两年，适逢徐阶主持内阁，大力支持，办事才得心应手。嘉靖四十五年十二月十四日，皇帝朱厚熜逝世，由徐阶和张居正起草的遗诏，并不是朱厚熜临死前口授的，而是用遗诏名义发布的徐阶和张居正的政见。为了拨乱反正，遗诏强调了已故皇帝对痴迷道教的错误有所反省，为那些因批评皇帝而遭到惩处的官员恢复名誉和官职，惩处主持玄修的道士，停止一切斋醮活动。十二月二十六日，穆宗皇帝即位，他的登极诏书也是徐阶和张居正起草的，基调和先帝遗诏完全一致，主旨是强调起用因反对玄修而遭惩处的官员，处罚道士，停止斋醮，破格提拔贤才，裁减冗员。嘉靖、隆庆之际的政治交接，徐阶处理得巧妙、妥帖，先是以遗诏的形式表示先帝的悔悟，继而以即位诏书的形式表示尊重先帝的遗愿，避免了改祖宗之法的非难。
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