杨涟此疏，语言犀利，火药味很浓，大家都担心朱常洛看后会很不高兴。奏疏上陈三日，仍没有动静，正要松一口气，忽然宫中传出话来，朱常洛将于明日召见大臣，并特宣杨涟和锦衣卫官校。朝臣们心里都知道，宣锦衣卫官校入侍，一般都是令其执行"廷杖"。大家推测杨涟此次被召一定是凶多吉少。方从哲劝杨涟赶紧上疏请罪，杨涟执意不从，称"死即死耳，涟何罪?"
次日上午，众臣入朝朱常洛。朱常洛有气无力地说了些要大家各尽其职，效忠朝廷的话，便把目光转向杨涟，盯了他许久，始终不说一句话。大家正在担心，忽听朱常洛叹了一口气，指着杨涟对大家说:"此真忠君。"下旨驱逐崔文升，收回封郑贵妃为太后的圣旨，并且还让杨涟当上了顾命大臣。 杨涟对朱常洛的信任非常感激，从此更是孜孜不倦，誓死报效朝廷。
九月初一，朱常洛驾崩。他的宠妃李选侍欲效仿当年的郑贵妃，准备将朱常洛的长子朱由校藏起来，"挟皇长子自重"。外臣周嘉谟亦以皇长子既无嫡母，又无生母为理由，主张抚孤于李选侍。李选侍阴狠狡诈，朱常洛在时，她便恃宠骄横，独霸后宫。朱由校的生母王氏便是被她害死。后来她又趁朱常洛病重，与郑贵妃勾结，要求封郑贵妃为皇太后，封自己为皇后。一次朱常洛被她纠缠烦了，便召几位大臣商量，准备封她为皇贵妃。不料躲在门幔后偷听的李选侍不满意，竟然从幕幔后伸出手来将站在朱常洛旁边的朱由校拉进去，耳语了一番，便将其推出。朱由校当即便跪在地上请父皇封李选侍为皇后。如此僭制违礼，不仅使在场的大臣面有怒容，连朱常洛也为之"色变"。为防止李选侍挟持皇长子干预朝政、扰乱国体。杨涟等一批正直朝臣决意铤而走险，力挽狂澜。
“海瑞此人智力和政治都有七十五了，也算是三流谋士里顶尖的了。”刘辩想着。
当天上午，杨涟、左光斗促同大学士方从哲、刘一燝、韩爌等朝臣一齐到乾清宫。刚至乾清门，便有内宦持梃拦路，不许入内。杨涟大骂道:"奴才!皇帝召我等。今已晏驾，若曹不听入，欲何为?"说完便挥手挡开枪梃，众朝臣一拥而入。大家哭灵完毕，发现长子朱由校并未在朱常洛灵柩前守灵，心中暗暗吃惊。问左右的宦官，皆支支吾吾，不敢作答。杨涟见朱常洛的心腹太监王安以目示意西暖阁，当下会意，转身对大家耳语了几句，大家便一齐向西暖阁跪下，齐呼求面见储君。李选侍拥着朱由校躲在西暖阁，哪里见过如此阵势，早已吓得六神无主。王安随即入内，假意劝说，称皇长子面见众臣后即可送回。说完便拉着朱由校出阁，等在外面的众臣连忙把朱由校拥入早已准备好的辇车，护驾退出乾清宫。李选侍这才回过神来，慌忙吩咐左右的宦官快去挡驾。宦官们追来拖住轿子，大声叫嚷:"拉少主何往?主年少畏人。"杨涟大怒，大声斥骂道:"殿下群臣之主，四海九州莫非臣子，复畏何人?"众宦官被骂得哑口无言，这才悻悻退去。
杨涟等人将朱由校抬至文华殿，当即举行了"正东宫位"的典礼。并且议定于泰昌元年九月六日在乾清宫即帝位。
李选侍见皇长子被拥走，十分恼怒，无奈大局已定。她决定赖在乾清宫不出，以此要挟朱由校封她为皇太后。消息传出，举朝皆愤愤不平，奏请李选侍移宫的章奏接连不断。李选侍遣宦官召太子入乾清宫议事，被杨涟阻挡。他正色道:"殿下在东宫为太子，今则皇帝，选侍安得召?"怒目将前来传话的宦官逼退。
九月初五，眼见太子登基大典将近，而李选侍仍赖在乾清宫不出。杨涟心急如焚，又联络诸大臣聚集慈庆宫，要大学士方从哲带头请太子下诏驱李选侍移宫。方从哲却不以为然地说:"迟亦无害。"杨涟辩争道:"昨以皇长子就犹可，明日为天子，乃反居以避宫人乎?"当时有人提出李选侍是光宗的旧人，逼之太急是否有失体统。杨涟立即斥之道:"诸臣受顾命于先帝，先帝自欲先顾其子。"并且表示"能杀我则已，否则，今日不移，死不去。"其他大臣亦纷纷赞言助之，词色俱厉，惊动了殿中的太子。太子遣人斥群臣退去，杨涟仍不肯服从，继续抗辩道:"选侍阳托保护之名，阴图专擅之实，宫必不可不移。"在杨涟等的坚持下，朱由校只好下旨遣李选侍即日移宫。李选侍接旨，知败局已定，只好哭哭啼啼地迁出乾清宫。次日，朱由校正式登基，即明熹宗。
从朱常洛驾崩到朱由校登基，前后不过六日。杨涟为辅佐太子顺利登基呕心沥血，几乎是夜夜不寝。史书上称在六天内"涟须发尽白，帝亦数称忠臣"。不久后，杨涟升任兵科都给事中。当时御史冯三元等极力诋毁熊廷弼，杨涟公正疏陈此事。不久后，他弹劾兵部尚书黄嘉善八大罪，黄嘉善遭罢免。
杨涟任礼科都给事中，旋即升任太常少卿。春，朱由校拜杨涟为左佥都御史。又升为左副都御史。
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