明穆宗隆庆元年六月，杨廷和得以复官，赐祭四坛，命有司治葬。追赠太保，谥号文忠。
武宗失德，杨廷和多次上疏规谏，俱不听。他虽邑邑不自得，但仍勤于政事，忠于职守。正德年间，武宗常访疾问苦，多不在京。杨廷和入值中枢，参与机要，镇静持重，补苴匡救，灾赈蠲贷犹如故事，百司多守法，使国家机器正常运转。安化王朱寘鐇反，他草赦诏，请擢边将仇钺，以离贼党。钺果执寊鐇。刘六、刘七起义，他建策献言，调兵遣将，终于镇压了这次起义。明末文人陈子龙指出:武皇穆骏西驰，而天下晏然者，以任相得人也。
安化王朱寘鐇反，他草赦诏，请擢边将仇钺，以离贼党。钺果执寊鐇。刘六、刘七起义，他建策献言，调兵遣将，终于镇压了这次起义。武宗无嗣，孝宗亦无他皇子在者，武宗驾崩后，当时皇太后命大臣议所当立者。杨廷和举，主张立兴献王长子，得到了阁臣们的赞同。太后一如廷和请，事乃定。使这一颇为敏感的问题，得到了顺利的解决。
“此人颇有才华啊。”刘辩感叹道。
武宗死后，当时平虏伯江彬在京郊拥有重兵，知道天下人厌恶自己，心里很不安稳。他的党羽李琮劝江彬乘机带领家兵起来造反。江彬犹豫不决。于是杨廷和打算用皇太后的命令逮捕、杀掉江彬。他和同僚蒋冕、毛纪及司礼中官温祥四个人在一起商量。张永侦察到他们的意图，也在宫中秘密做了准备。司礼魏彬从前和江彬有关系。杨廷和认为他软弱，可以胁迫，就题写好武宗灵柩前的旗幡，交给魏彬、温祥及其他宦官张锐、陈严等人，为他们详细说明了江彬造反的罪状，并用危险后果来吓唬他们。魏彬被说动了心，只有张锐极力说江彬无罪，杨廷和当面喝责他。蒋冕说:今天一定了却这件事，然后再去祭吊皇上。陈严也在一旁鼓动，于是让温祥、魏彬等进宫去告知皇太后。很久没有回话，杨廷和、蒋冕感到自己处境危急。不一会儿，陈严才来说:江彬已经被活捉了。江彬被除去后，朝野内外举国欢庆。世宗未至京师，杨廷和总揽朝政共三十七日，在此期间，杨廷和不受皇帝的掣肘，得以施展自己的抱负。他以革除武宗时弊政为己任，进行了一系列改革。
杨廷和办事勤勉，讲求效率，充分发挥了自己的才干。史载:其调度区画，取办俄顷，命中书十余人操牍以进，石斋一一口授，动中几宣，略无舛错，中外倚以为安。正德、嘉靖之际的遗诏、登基诏都出自杨廷和之手，他的很多兴利除弊的改革措施都是通过诏书的形式颁布的。杨廷和针对武宗调边兵入卫京师，致使边卒纵横骄悍，都人苦之、边防力量也大为削弱的情况，在武宗死后传遗命罢威武团练诸军，各边兵俱重赉散归镇，解决了这一问题。武宗去世后，杨廷和尽废其政，以遗诏革皇店及军门办事官校悉还卫，……豹房番僧及少林僧、教坊乐人、南京快马船，诸非常例者，一切罢遣。又以遗诏释南京系囚，放遣四方进献女子，停京师不急工务，归宣府行宫金宝归诸内库。中外大悦。杨廷和在所拟登极诏中，还赐天下明年田租之半，自正德十五年以前逋赋尽免之，以缓和阶级矛盾，恢复发展农业生产。世宗即位，杨廷和草上登极诏书。已而诏下，正德中蠹政厘抉且尽。所裁汰锦衣诸卫、内监局旗校工役为数十四万八千五百，减漕粮百五十三万二千余石，其中贵、义子、传升、乞升一切恩悻得官者大半皆斥去。在裁汰冗官、冗兵的同时，杨廷和还注意拨乱反正、平反冤案。在它所拟的登极诏书中规定:正德十四年文武官员人等，因谏上巡游、跪门责打降级改除为民充军者，该部具奏起取复称，酌量升用。打死者，追赠谕祭，仍荫子入监读书。充军故绝者，一体追赠谕祭，复养亲属。而且，廷和益欲有所发嘘，引用正人，布列在位。注意选拔人才，以推行新政。
杨廷和的改革措施，受到朝野上下的普遍称颂。同时，也受到一些人的嫉恨。史载，诸失职之徒衔廷和次骨。他们散布谣言:终日想，想出一张杀人榜 ，有人甚至想趁杨廷和入朝时刺杀他。但杨廷和无所畏惧，出入护以卫士，照常理事，表现了一个政治家的胆略。杨廷和的改革虽然时间不长，但还是取得了明显的效果。嘉靖初年，政府财政状况大有好转，阶级矛盾也相对缓和，天下翕然称治。杨廷和为官清正，虽位及人臣，而居处同于寒素;他关心民间疾苦，为家乡通水利，修县城，置义田，作了不少好事，很受时人称道，一生博学鸿毅，光明正大，积极倡导励行新政，对明朝之中衰起到一定振治作用。
就连李贽也评价道世庙初入，据古执礼，公当其时，可谓正直不阿，卓然名世矣，是岂赂瑾卖友取容之人乎?此市井之谈，爱憎之口，不待辨者。独大礼议起，人皆是张桂而非公。余谓公只是未脱见闻窠臼耳，若其一念唯恐陷主于非礼，则精忠贯日可掬也。故谓公之议有所未当则可，谓公之心有一毫不忠则不可。此赵文肃所以极力为公表也。…果如或者之说，于司直为卖友，于刘瑾为阿势，则大礼之议，委曲扶同，公自优为之矣。然公之议大礼也，可以许其忠，而未敢以许其妙。若处康陵之朝，非但人不知其妙，而亦不能信其忠。盖大忠者不见忠，至妙者人自然不知其妙也。是以当时知公者仅仅有李文正、梁文康、费文)数人耳。文正必得公而后敢以去，梁、费二公亦必得公而后敢即安，则公所系何如哉!余又怪其不能以事康陵者而事永陵(朱厚熜)也，岂其真挟定册之功，或恃世宗仁圣，终能听己也耶?不知之矣。
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