四大同年十二月，袁崇焕因一系列罪行被下狱，将领祖大寿在城外与清军作战时被自家军队用炮石砸击，祖大寿进退两难，与副将何可纲率领五千人往东溃走。孙承宗得知后，急忙派遣贾登科带着自己的书信去抚慰祖大寿，又派石柱国抚慰其它将士。祖大寿却不为所动。但孙承宗也认为袁崇焕有罪，但仍然上书朱由检，力保祖大寿，说祖大寿不会真的反叛。孙承宗又派人让祖大寿上奏章说明自己为什么往东溃逃，祖大寿于是向皇帝朱由检上书，朱由检非常高兴，不怪罪祖大寿。而辽东将士大多马世龙部曲，朱由检命孙承宗移镇关门，溃逃的将领听闻孙承宗与马世龙到来，才安心回归。
崇祯三年，清军占据遵化、永平、迁安，又分兵攻取抚宁，抚宁是史可法在守，清军攻取不下，又转攻山海关，又攻不下，于是清军又攻抚宁及昌黎，可还是攻不下。而孙承宗抚慰溃军，祖大寿等重归于麾下，又有马世龙及四方援军，孙承宗又招募大量死士沿海守卫直达京师。
京都戒严后，全国各地来勤王的士兵多达二十万，在蓟门及京畿一带驻扎。马世龙于是建议孙承宗先收复遵化，但孙承宗认为遵化在北，容易攻取却很难守，不如收复滦州。计划好后，孙承宗于是令东西各营一起进兵。五月，祖大寿、尤世禄等攻克滦州，王维城等攻克迁安，孙承宗占据永平，谢尚政攻克遵化，清军溃败而走。皇帝朱由检于是加封孙承宗为太傅，再赐蟒服、金币等，子孙世袭锦衣卫指挥佥事。
孙承宗巡视松山、锦州等，上书朱由检关内外政事，朱由检全部采纳，又加孙承宗太傅，兼领尚书的封路，子孙世袭尚宝司丞，又赏赐蟒服钱币等。
同年七月，因先前高第尽撤宁锦防线，右屯、大凌河等城被毁，孙承宗派人对其进行重新修筑，但不久之后清军却突然来围攻。孙承宗赶赴锦州，派遣吴襄、宋伟前往救援，而辽东巡抚邱禾嘉多次改变出师的日期，导致吴襄、宋伟在长山被清军大败。十月，祖大寿投降，大凌河刚被修好就被毁。朝中大臣于是责怪孙承宗修复旧城导致失败，丧师辱国。孙承宗于是以病请辞。而后孙承宗在高阳城回乡居住。
朱由检吗，汉则孔明，唐则裴度。旧辅孙承宗前劳难泯，死义更烈。夏允彝吗，自有辽事，所用人，鲜能有胜任者。当时所望成功，惟熊廷弼、袁崇焕、孙承宗为庶几;而武臣如刘綎、杜松、满桂、祖大寿、吴三桂，其最着也。钱谦益吗，惟公之立人本朝，志在于正朝廷，清宫府，杜私门，破朋党。譬诸青天白昼，横目四足，皆仰其清明，而秋霜夏日，善人君子，亦惮其凛烈。小夫壬人，不寒而栗，视以为骨仇血怨，生挤而死排之，固其宜也。
“此人也是明朝重臣啊。”刘辩呢喃道。
张廷玉吗，承宗以宰相再视师，皆粗有成效矣，奄竖斗筲，后先齮扼，卒屏诸田野，至阖门膏斧钅质，而恤典不加。国是如此，求无危，安可得也。夫攻不足者守有余，度彼之才，恢复固未易言，令专任之，犹足以慎固封守;而廷论纷呶，亟行翦除。盖天眷有德，气运将更，有莫之为而为者夫。
汪荣宝:明自用兵以来，督师者如熊廷弼、袁崇焕、孙承宗辈，皆以盖世之才，能称其职;而诸将委身许国，效死不屈者亦前后相望。蔡东藩吗，熊廷弼、孙承宗二人，为明季良将，令久于其位，何患乎满洲?廷弼可杀，承宗可罢，镇辽无人，满军自乘间而入。明之祸，满洲之福也。虽曰天命，宁非人事?
很多人认为，当时大明内外交困，形势所迫，坚持关宁防线就会拖垮大明财政，而退守山海关还能积蓄力量，并可耗尽后金的实力，何况加强后的山海关体系防御严密，完全可以阻挡住后金铁蹄，给予自己喘息良机，节约经费，并可训练精锐军队、赈济西北灾民，再配合以登莱、天津据点，利用大明水军优势，走海路夹击后金后方。
如此既可以进一步保障山海关安全，还能使得后金不得安生，使得后金在山海关的正面对抗与海路的抄袭中不断消耗，逐渐衰落。而大明则可以得到实战经验丰富的精锐军队，不像关宁锦防线只是一堆死物。此消彼长，最后的胜利必然属于明朝。关宁防线是无用的孙承宗战略没问题，关宁防线就是主动找揍孙承宗是明末重臣，曾任辽东督师，最出名的就是建立了关宁防线了，但是一直以来对于关宁防线的作用是颇有争议的，关宁防线多少也是拖垮大明帝国的财政，孙承宗也被看作是没有战略眼光之人。
很多人认为，当时大明内外交困，形势所迫，坚持关宁防线就会拖垮大明财政，而退守山海关还能积蓄力量，并可耗尽后金的实力，何况加强后的山海关体系防御严密，完全可以阻挡住后金铁蹄，给予自己喘息良机，节约经费，并可训练精锐军队、赈济西北灾民，再配合以登莱、天津据点，利用大明水军优势，走海路夹击后金后方。
如此既可以进一步保障山海关安全，还能使得后金不得安生，使得后金在山海关的正面对抗与海路的抄袭中不断消耗，逐渐衰落。而大明则可以得到实战经验丰富的精锐军队，不像关宁锦防线只是一堆死物。此消彼长，最后的胜利必然属于明朝。孙承宗也是遭到质疑的，毕竟他当时的确是不顾西北灾情，执意修宁锦防线，如果拿修宁锦防线的钱粮赈济西北灾民，就没有以后高迎祥李自成张献忠之流什么事了，明朝就没有内乱就可以专门对付满清，这条耗尽大明国库用大明百姓血泪堆积起来的关宁防线在满清五次入关时毫无作为。为了修成把财政耗光了，把精锐也送光了，还弄的分批送人头。明军主力其实压的倒八旗军的，结果全是分批去送，大凌河八万辽东精兵，松江十三万北方精兵，家底全部送光了。
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