三路大军汇合后，扫平中原、山东及江南后，真准备分兵两路，一路南下岭南，一路北进河北，只要这两处平定之后，则天下尽归大唐手中。
但是就在这时，长安圣旨到来，说是突厥突然犯边，急掉秦王带兵回京，护卫京师安危。
于是不得已，秦王只好留下李靖留守江南，继续攻略岭南之地之外，他则亲自率领大军回师长安
这时朝廷也传来旨意，擢任为检校荆州刺史，命他安抚岭南诸州，并特许承制拜授。
李靖越过南岭，到达桂州（今属广西），派人分道招抚，所到之处，皆望风归降。大首领冯盎、李光度、宁长真皆派遣子弟求见，表示归顺，李靖承制都授以官爵。于是连下九十六州，所得民户六十余万。自此，“岭南悉平”。
李渊下诏劳勉，授任岭南道安抚大使、检校桂州总管。
李靖以为南方偏僻之地，距朝廷遥远，隋末大乱以来，未受朝廷恩惠，若“不遵以礼乐，兼示兵威，无以变其风俗”，遂率其所部兵马从桂州出发南巡，所经之处，李靖亲自“存抚耆老，问其疾苦”，得到当地人民的拥护，于是“远近悦服”，社会安定。
这且不说，且说李世民班师回到长安后，长安一切如常，并没有突厥犯边的紧张气息，这才意识到不对劲！可能是小人作祟，一时间怒火冲天。
找到留守长安的亲信一打听才是知道，是太子从中作梗，担心秦王功勋太盛，影响到自己太子位置不稳，于是就同裴寂商议，在李渊耳边进谗言，李渊也一样担心李世民功高震主，于是就借口突厥犯边，掉秦王带兵回京。
李世民更是怒火中烧，心道：“我辛辛苦苦在外给你的江山打拼，你居然怀疑我！”于是心中积起对李渊的怨恨，对李建成仅有的那点亲情也彻底消失殆尽！
心中也起了对李建成和李渊的提防，以前没有起的那份心思，也在心里彻底泛滥起来。
其实他早就应该明白，姐夫晋国公就给他提醒过，他当时还不以为然，现在想想还真是这样。
从刘文静被杀，就可以看出，李渊对他已经有所忌惮了，诛杀刘文静就是变相对他的警告！
还有他离开长安期间，李建成对他亲王府的迫害就异常的明显，大儿子李承乾就产点儿没保住，要不是观音婢看形势不对，赶紧把李承乾送到三姐夫那里去，李承乾就小命难保了！
于是乎，李世民对李建成的那份怒火彻底燃烧起来，既然你不仁就别怪我不义了，既然要争咱就彻底争争；既然你对太子之位那么重视，那么我就让你坐不稳那个位置。
诓骗李世民回师，李渊也觉得不好对他交待，于是又封李世民为天策上将，领司徒、陕东道大行台尚书令，位在王公上，食邑增至三万户。
同时李渊又下诏特许天策府自置官属，李世民因此开设文学馆，收揽四方彦士入馆备询顾问，文学馆与秦王府相结合，俨然形成一个小政府机构。
李建成真是偷鸡不成蚀把米，秦王的权限不仅没降，反而又增加很多，让他对李世民更加的忌惮，对李渊也怨恨起来。
李渊玩平衡玩过了，造成两个儿子，对他都不满起来，李渊这回可真的是里外不是人，他这个人有个最大的缺点就是耳根子软又胆小怕事！
李渊的优柔寡断，也使朝中政令相互冲突，加速了诸子的兵戎相见。
于是两派矛盾就愈发明显起来，两派大臣之间也开始互相倾轧。其中宰相裴寂、谋士王珪、魏徵、东宫卫士将领薛万彻等追随李建成。秦王府谋士杜如晦、房玄龄，将领秦叔宝、尉迟敬德、程咬金、段志玄、侯君集、王君廓等跟从李世民。宰相陈叔达、朝臣长孙无忌等暗中支援李世民。
其余将领李靖、徐世勣，大臣宇文士及等保持中立，李靖这次又是当成骑墙派，岂不闻两项不选就是最大的败笔，会让两方都对你不信任或则提防，会让双方都把你当成投机份子，不管那一方得势，都会会对你的立场产生怀疑！
罗士信就不一样了，他是林峰和平阳公主的人，他不会站在任何一方的，当然他也明白，林峰是暗中支持秦王的，所以他也是暗中支持秦王。
李渊非常喜欢他，加上这次攻取江南的功绩，进封绛州总管、剡国公，想以他的军事才能来平衡秦王，制衡李建成。
这时恰逢窦建德部将刘黑闼又叛乱，于是太子属臣魏征就建议他带兵平叛，以此积累功勋和人望，巩固太子之位。
可惜其用兵水平一般，又骄傲自大，误中刘黑闼埋伏，被打的打败，被薛万彻保护仓皇逃回长安。
刘黑闼贪心不足还想兵犯河东，于是李渊想排李世民平叛，被裴寂所阻止，说道：“秦王日盛，不宜再曾其功绩，免得尾大不掉！可派兵给三公主，晋国公必然不会让公主受难，必会亲自领军，晋国公才能高过秦王，刘黑闼之流，如土鸡瓦狗矣！”
于是明面上是李秀宁带兵，其实是林峰在带兵，李秀宁刚生产过，给林家生了个大胖小子，是林家的功臣，林峰岂能让她犯险，于是只好中计，亲自率军，讨伐刘黑闼。
在苇泽关两军遭遇，林峰采用诱敌深入之策，大克刘黑闼叛军，雄阔海阵斩刘黑闼，林峰仅用一个月的时间，就收复河北诸郡。
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