如果说《论语正义》刊印之后，是赞扬远远多过批评的话；那么《疑古文尚书伪作论》一问世，首先便是让许多人目瞪口呆，舆论几乎是短暂性失声。而等到最初的惊愕之后，留给众人的，便是一种复杂的心情。石越考证之细致精确，让《古文尚书》之伪几乎成为一种无法辩驳的事实，士林也只能平静的接受。但是对《今文尚书》的质疑，却未免有证据不足之嫌。一时间批评的声音都是针对《今文尚书》部分而来，其中攻击得最卖力的，便是陈元凤。只不过他的反驳，完全是对石越人品的责难，在学术上实在没有太多的意义。而石越对《今文尚书》某些部分是否伪作，并未给出定论，这些反对的声音没有引来石越的辩护，反而引来了不少着名学者的辩护。
《疑古文尚书伪作论》的刊印，真正引发了一次学术大讨论，其直接结果就是朝廷明示天下，从此考试不再考《古文尚书》！至于今文经与古文经的战火，由此重新点燃，这却是石越所始料未及的。
四月的风暴并非仅此而已。
四月下旬，石越第一部真正意义上自己创作的作品《三代之治》出版。
这本书全文不到五万字，是一部乌托邦式的着作，以复兴上古三代（尧、舜、禹）的名义，讲叙了一个理想化的世界，包括社会、文化、政治制度等等诸方面的内容。石越与苏东坡所谈的民主议会的思想，便反映在这本书中。其中心思想无非是天子是受命于民，而非受命于天，得民意者方能治天下，又指出天子最可倚重的，不是士大夫，而是老百姓……
“石越通过攻击《尚书》的真实性，先空洞化对三代的记载，然后对上古三代进行自己的解释，借三代的名义抢占对儒家经典的制高点，再辅以对儒家经典的重新解释，完成对儒家学说内部的改革”——这是后世对石越种种行为的解释。当时的宋代，在文化上实际上和汉武帝时代的情形非常相像，经学经过两晋之变，在唐代复兴，却又慢慢让位于诗赋，五代士风沦丧，可以说在宋代迟早要有一种新的学说来占领思想界的王座，这是一种客观需要。所以先有所谓的“古文运动”，然后有王安石的《三经新义》，最后有朱熹完成的理学……群雄逐鹿，最后理学捷足高登，主导中国数百年的思想史。此时石越的作为，不过趁古文运动已到最后的辉煌，正准备完成它对晚唐以来艳丽的文风最后一击，而“王学”尚未问世，理学影响未大之际，趁虚而入，以一系列的新说，加入到这场争夺思想界王座的竞争之中。
在《三代之治》的序言之中，石越提出来“复古、朴实、求是”三原则，继承古文运动的精神，他公开说三代无书，汉人之文风最合三代的精神，文章应当学西汉；而做人或为文，都应当讲究朴实无华，不应当追求浮华的东西，文景之世，皇帝诏书如同白话，最值赞赏；三代尧舜禹，汉代文景，没有皇帝给自己加尊号，他们的令名照样传之于后，石越因此大胆的在文中呼吁皇帝不要给加自己那种长而无实的尊号——这一点其实是谋定而后动，赵顼对于加尊号的确是没有什么兴趣，终其一生，没给自己加过什么尊号；石越又提出来做事要讲证据，重事实……
《三代之治》一经出版，几天之内就被抢购一空，汴京城的读书人睁大眼睛想看看石越的新作，桑氏印书馆几乎没有停工的时候。而之后引起的议论，更加超过了《疑古文尚书伪作论》，毕竟后者是一部考证的书，真正能从中间找出问题来辩难的，都是比较高明的人物；而《三代之治》则主要是一部空想理想社会的书，但凡空想，只要是人，便可品评一下得失。
“自古以来，君为天、臣为地，君为乾、臣为坤，子明所谓议会，以士绅百姓议论官府，以黎庶与九五为一体，似有混乱阴阳乾坤之嫌？”王安礼谨慎的问道。
石越随手画了一个太极图，交给王安礼，微笑不答。王安礼看一了会，突然开怀大笑：“原来如此，妙，妙。”
唐棣等人面面相觑，不知道他们闹什么玄虚，柴贵谊忍不住悄悄问桑充国，众人之中，以桑充国与石越相处时日最多，对石越的学说了解最深。桑充国微笑道：“阴阳一体，方为宇宙。世间至道，极阴便是阳，极阳便是阴。九五之尊为极阳，黎庶百姓则为极阴，二者表面看来相距悬殊，实则一体。”
“子明在《三代之治》中倡议天下普设学校，立图书馆，欲使天下人皆得读书识字。然则自古士农工商，各有所事，此天命也，子明欲使人人皆为士，可得乎？”苏轼虽然是杰出之辈，脑子里却未免还是有那些等级观念。
“在下闻孔子曰：有教无类。未闻孔子以士农工商而有教与不教之别矣。且士者，本出于农也，故有耕读之家。工、商之间，亦未必无贤者，陶朱贾人也，傅说工人也，二者非为不贤。君以为工商不得读书乎？以为读书不可以为工商乎？”石越悠然答道。
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