1855年5月5日，南丁格尔与4名护士、厨师索亚和另一名法国厨师，连同420名病愈返回前线的伤兵，渡过黑海到达克里米亚的巴拉克拉瓦。第二天，她开始了对两座医院的巡察。
虽然同样是在政府卫生考察后的改进期间，但这两所医院的环境仍相当脏乱，军医工作疲沓，护士们的工作也不得力。因为受到霍尔博士等人的恶意挑唆，南丁格尔所到之处看到的仿佛都是充满敌意的眼光，甚至受到蛮横无理的对待。
南丁格尔装作什么都没看见，她都忍在心里，因为她有更重要的事情要做。她决定先从改善重症伤病士兵的饮食入手，争取先在两座医院各建一个专门调配特殊饮食的厨房。
但是，南丁格尔甚至还没来得及做什么就病倒了，她得了克里米亚热病。这是一种死亡率很高的地方流行病，不得已只好住进了“城堡医院”。
在随后的两个星期中，南丁格尔高烧、昏迷、呓语不断，在死亡线上徘徊。天气奇热，她的病情久久不见缓解，汗水穿过她美丽的长发，浸湿了一大片枕巾，人们只好把她的头发全部剃光。
5月底，南丁格尔总算脱离了险境，被士兵们护送回斯卡特里，但不许她回医院，强迫她住进一个因病回国的牧师家中，以方便调养。这是拉格伦总司令的命令，任何人都得遵从，南丁格尔也只好接受了。
7月底，南丁格尔基本痊愈了。她取下了头巾，刚刚长出的卷曲短发，使她的模样显得稚气而动人。给她治疗的医生告诉她，这场热病来得正是时候，它救了南丁格尔的命，因为患病才可能迫使她好好休息一段时间。
紧接着，与南丁格尔共经忧患、屈辱和磨难的弗罗斯·布里基夫妇也因为国内的急事要回国。
7月底，南丁格尔送走了布里基夫妇，便搬回医院里的那个小房间。空出来的牧师寓所成了“别墅”，供她的护士们轮流去短暂休假。
但医院的形势却发生了变化。在洛森博士的指使下，医院当局不欢迎她回来。他们认为现在一切就绪，用不着再听她的意见了。
一旦形势有所好转，人们的惰性又占了上风，他们宁肯没有她在身边督促而自在些。离开将近3个月，她的护士队员也出现了问题，她们有的染上了酒瘾，有的开始谈恋爱。
更严重的打击还在后面。
布里基夫人原先兼管保管礼品的储藏室，里面的礼品都是英国国内各地民众捐赠给前线官兵以及护士队的，有贵重的物品，也有酒、衣服等日用品。布里基夫妇回国后，南丁格尔另聘了一位索尔兹伯里女士管理。谁知这位索尔兹伯里女士不守规矩，一拿到钥匙就监守自盗。军方根据可靠线索搜查了这位女士的房间，竟发现她的箱子、柜子里，甚至每一条墙缝都塞满了盗来的赃物。
出了这样的事情，南丁格尔只好把新上任的前线总司令斯托克将军找来共同处理。面对大量确凿的物证，索尔兹伯里女士先是赖在地上又哭又闹，继而又苦苦求饶，央求南丁格尔小姐千万不要控告她，她愿意立刻回国。
南丁格尔也不愿过分严厉地惩罚她，和斯托克将军商量后决定，对索尔兹伯里女士免于处罚，放她回国。谁知，这位索尔兹伯里女士是个蛇蝎心肠的妇人，一回到英国她立即大造谣言，谎说她在斯卡特里医院受到了虐待、迫害，并反咬一口，诬指南丁格尔扣压礼品。主持陆军部日常工作的副大臣蒙斯先生对此信以为真，因为他不认识南丁格尔，还以非常严肃认真的态度来对待这件事。
不久，南丁格尔和斯托克将军同时收到一封军方的公文，责令他们澄清自己的有关行为，并通知他们，伦敦军方将严肃调查他们的“严重的贪污、迫害、渎职”问题。一时间，南丁格尔的声誉受到很大损害，她的处境极为艰难。
伦敦军方一介入此事，南丁格尔全家觉得必须有人去守护在南丁格尔的身边。为此，玛伊姑妈于9月16日专程赶到斯卡特里。
但南丁格尔没有畏惧、没有退缩，她那看似柔弱的肩膀，默默地承受起了常人所不能承受的压力。她知道，那些人无非是想把她从前线撵走，而她绝不会让他们可耻的阴谋得逞。
但与极少数卑劣的恶意中伤者和嫉贤妒能的官僚相反，前线官兵们对南丁格尔满怀感激、敬佩、爱戴之情。当南丁格尔病愈后返回到克里米亚时，消息如野火般迅速传开，士兵们跑出帐篷，满山遍野围聚而来，雷鸣般的欢呼声在山谷里久久轰响回荡。南丁格尔“被迫”坐在高处，以便官兵们都能“瞻仰”到她的风采。
那时候，南丁格尔身染重病的消息传开后，几乎整个克里米亚战区都陷入了焦虑与不安中。那些战场上的士兵，还有各个野战医院的伤病员与护士，有的泪流满面，有的跪地祈祷，大家都祈求上帝降福于她，让她早日康复。
南丁格尔被转送回斯卡特里医院时，数百名驻扎在附近的士兵到码头为她送行，两名士兵抬着担架上裹着头巾、病容憔悴的白衣天使，许多人跟着担架行进，大家的眼眶里噙满了泪水。
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