后来，嘉靖九年聂豹改守苏州府。苏州府是东南方最大的郡县，在过去一向都是到任官员认为很难治理的地方。聂豹去后处理政务从容自如。在苏州府期间，他问民疾苦，禁止革除赌博等社会陋习，制裁强横狡诈不守法纪的人，严厉打击黑社会势力。生擒凶徒王子家、巨盗龚渊、龚锦。苏州有凶徒王子家是黑社会头目，经常在游船上纠集凶徒，危害平望和射渎两个地方的治安。聂豹到后，王子家闻风已携妻子藏匿到一个很难发现他踪迹的泖湖中。聂豹并不就此罢手，派人坐渔舟前往侦查，并埋伏在湖中，不到几日便把王子家擒获，将其依法治罪。大仓州的巨盗龚渊、龚锦两兄弟为害海上，他密派人擒获他们两兄弟，可惜只抓到了龚锦，龚渊却被逃走。为了擒获龚渊，聂豹设计，欲擒故纵，放了其弟龚锦。江苏吴人不理解，哗然，聂豹微笑。没过几天，龚渊果中计，晚上偷偷来到弟龚锦的家，埋伏在其弟龚锦家附近的官兵将他擒获，江苏吴人无不敬佩。每当奸猾匪徒犯罪逃匿，聂豹都亲自去做好匪徒妻子的工作，动之以情，晓之以理，耐心诱导，一时凶匪在其妻的劝导下，都纷纷自首认罪。钜寇郑新盘据福建的漳州和泉州，错根盘结，势力很大。虽然抓获郑新很艰难，聂豹毫不畏惧，还是派官兵围剿，经过数年的努力终把郑新抓获。
在闽期间，由于聂豹持法严正，风裁凛然，深受民众推举拥戴。当时福建人把聂豹作为偶像，民间给小儿取名亦流行以豹为名，以示崇尚聂豹。嘉靖三十四年聂豹上疏反对赵文华等人上奏的巡视祭海神、增加田赋和开放市舶等事宜。他的上疏认为东南百姓贫困已极，若祭海神、差田赋，是徒滋劳费，加重百姓负担。倭寇很狡猾，如开市舶，就同开马市，倭寇将长驱乘虚而入，反被倭寇钻了空子。他的上疏违反了皇帝旨意，世宗皇帝十分反感，下诏严厉训斥。朝廷严嵩、赵文华等一些人根据皇上的意思，一起趁势攻击。皇怒，罢免兵部尚书聂豹，还受到降俸二级处分。由此，聂豹心灰意冷，看破红尘，上疏称年老有病，请求退休南归故里永丰。
“唉，聂豹此人太过正直啊。”刘辩感叹道。
据中国历史纪事对这件事的记载：当时礼部遂复议，均听从了赵文华所言。世宗皇帝问首辅严嵩派何人祭海神和督师江南，严嵩说：倭贼侵扰苏、松诸府为时已经二年，调兵不见实效，兵部奏报或多失实。应该根据礼部所言遣派大臣往祭，并宣布朝廷德意，即令察视江南倭情。请派赵文华担任此职。世宗采用严嵩建言，于同年二月二十一日命严嵩的亲信赵文华祭告海神兼督视江南防倭事。时人就此事评论说：国家遭受倭患，军费开支浩大，应当省事省官，减少地方负担。今反“颠倒是非”，遣官祭告海神，劳民伤财，重扰地方。赵文华到任以后，公私财贿俱入其室，江南为之困敝。他又恃宠牵制兵权，“颠倒功罪，以致纪律大乱，战士解体，虽征兵半天下，而贼势愈盛。此皆严嵩任用非人之罪。”
聂豹出任华亭知县期间，水灾旱灾接连而来，灾情严重。面对艰难的局面，他一面将灾情奏报朝廷，一面开仓放粮，救济灾民。他不等不靠，动员全县人民捐钱捐物。亲自带头将家中积蓄捐出，夫人在他的感染下，将身上披戴的金银首饰也捐了出来。榜样的力量是无穷的。在他的带动下，大小官吏纷纷仿效。通过募捐，得白银六、七万两，很快缓解了灾情。为了从根本上解决灾情，他亲自勘察县情，发现西边地势比较低洼，水常年排不出去，容易发生涝灾。东边地势较高，易发生旱灾。他访问民间，倾听专家和百姓的意见。大力兴修水利，疏通水渠3万余丈，修复废塘1.2万余丈，修筑堤岸10顷70余亩。华亭县的百姓后来一直都是依赖这些水利设施。又通过普查，查出余田1顷70余亩，全部用来弥补灾荒。他还积极倡议大家捐钱，修建当地的文庙，建造较有名气官员的乡贤祠。
百姓有了冤情，他都亲躬审理，为其申雪。只要有案子，当即就审，从不拖延。在审案中，精明睿智，能明察秋毫，不被假象蒙蔽。在苏州时，有一对兄弟来诉讼其父，聂豹觉得有蹊跷。他仔细观察，详细询问，查的兄弟俩都不孝，便当场羞辱他们，兄弟俩感泣悔罪。他智断巧断案情。在平阳时，有一妇人告其子不孝，聂豹觉得有隐情，故意训斥其子，可是那妇人毫无表情。他疑其中有私，派人查访，果然是那妇人与人有奸。于是详细审问，那妇人见隐瞒不了，只好招供。百姓无不称颂。
在华亭每年都是亲自参加按户等人丁编排的徭役，并严格审定。县衙的文书很多都是自己动手书写。当县令三年，华亭节余存谷19万余石。据华亭县志记载：“逃亡归来者足有3223户”。当时朝廷官员纷纷举荐聂豹，其中有七八个到过华亭的巡抚和巡按官员还以奏章的形式向朝廷举荐聂豹。嘉靖五年聂豹任佥都御史巡抚顺天稽查马政。为了为朝廷多输送马匹，他实地调查研究，总结以往的经验，上疏陈述马政的利弊，说明马数减少，人们养马积极性不高的的原因。他经过琢磨，首创了养马承包责任制。首先核定养马人数，将江南抛荒的田亩，逃亡的人丁核查属实后，剔除这些人可以不养马。其次将种马按优劣作价入官，再将马和草场承包到各州县官吏，并以签订的合同作为考核他们的主要依据。然后各州县官吏将马和草场承包到户。各处草场，不分养马与否，根据土地荒熟肥瘠程度，作为料场，不同价位计算，官方全部收购。还常年额定收购马价，稳定收购马的价格，解除承包户的后顾之忧。承包责任制实行后，各州县养马积极性空前高涨，马匹成倍增长。他还用计擒拿了恶寇郑新，地方治安很快好转。为了久治长安，他清寺田，备赈灾，均徭役，励节约，深得人民拥戴。
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