嘉靖三十四年，额外增税，亩出兵饷一分三厘，加上其他名目众多的赋役征发和严厉的海禁，沿海居民膏血为之罄尽，生路断绝，部分百姓被迫加入倭寇行列。胡宗宪深感问题严重，他奏请朝廷宽限征收江南地区历年所欠加派、逋赋，并蠲免倭患重灾区钱粮。浙江省加派缎匹、工料等项银两，已达二十多万，户、工二部还催查历年逋赋。时任浙江巡抚的胡宗宪上疏请敕户部，将加派本省的缎匹等项一一查清，除国家急需者严督依限征解外。在胡宗宪疏争下，明廷除因自然灾害对东南地区减免赋税外，又多次在倭害严重地区大规模蠲免钱粮。他还根据需要，随时裁减水陆官兵，以减轻百姓负担。嘉靖三十六年十月，奏准裁去部分士卒及岁费银四十九万九千余两，有力地调动了广大民众的抗倭积极性。嘉靖三十四年正月，柘林倭寇犯乍浦、海宁，陷
崇海，杀死官兵多人。胡宗宪奏请正失事诸人之罪。巡抚、指挥、参将、把总以指挥无方，临阵脱逃，各坐罪有差。胡宗宪疏请对王鹏害数百姓其宜重究以彰大戒者也。对抗倭有功官吏则不次超擢。知县杨藏、千户周勇、监生乔镗等作战有功，奖赏有差。吏员吴成器敢死善战，量改郡职。唐顺之战功卓著，迁佥都御史。即使对同一人，亦赏罚分明。同年七月，倭寇攻破杭州北新关，提督李天宠贻误军机被胡宗宪弹劾。同年十月至十一月，倭寇分掠绍兴府各县，李天宠率军斩擒三百多人。胡宗宪上疏请录巡抚都御史李天宠……等功。嘉靖三十五年八月，胡宗宪调兵进攻占据东沈庄的倭首徐海，倭寇穷凶极恶，保靖、河朔官兵先后为其所败。此时，胡宗宪擐甲厉声叱永保兵左右列，大呼而入，瞰垒下击，大败倭寇。同年十一月，倭兵侵犯会稽，报沈庄惨败之仇，来势凶猛，官兵莫能御，胡宗宪督促将领卢镗迎战，被他以士兵疲劳宜稍事休整为由拒绝，形势危急。宗宪不顾敌众我寡，夜召亲兵袭破之，达旦，诸营方知，入贺，镗大惭服。在抗倭战斗中，胡宗宪常辄自临阵，戎服立矢石间督战，置生死于度外。倭寇围杭州时，他又亲登城监视，俯身堞外，三司皆股栗，惧为流矢所加，宗宪恬然视之，展示了身为统帅的风范。
为使赏罚制度化，嘉靖三十八年十月，胡宗宪规定死事诸臣为三等，有功而又能死事者为一等，虽无功而能忠于所事者次之，勤无可录而事适不幸者又次之。其或失机偾事，虽身故仍须追夺官荫。王直、徐海长期以来在海上南面称孤，坐遣倭寇侵扰我东南沿海，为倭寇巨魁。胡宗宪不顾一些朝臣反对，决计剿、抚并施，铲除王、徐。他一面令戚继光、俞大猷痛击倭寇，一面派人到日本五岛招抚王直。 此时，日方因连年进犯我国，伤亡颇大，或全岛无一归者，怨声载道。 王直集团内部亦矛盾重重，他表示如明廷能免其罪并开放海禁，就可归附。嘉靖三十五年四月，徐海、叶麻与陈东率倭数万大举入犯，胡宗宪施离间计，倭寇自相擒杀。 明军抓住时机，大败徐海、陈东部。徐海投河自尽，麻叶、陈东和辛五郎并斩于嘉兴。 未几，势力日蹙的王直从五岛西渡至定海，欲同徐海联合，但徐部已被剿灭，王直进退维谷。胡宗宪即命戚继光督健将埋伏数匝，水陆要害，星罗棋列，鱼鸟莫度。同时，答应为王直请封都官号，允许通商互市。王直迫于官军兵威甚盛及利禄诱使，投降官府。至此，王直、徐海部倭寇基本消灭，两浙倭渐平。
“胡宗宪此人太贪恋权势了。”刘辩感叹道。
宗宪多权术，喜功名，因文华结严嵩父子，岁遗金帛子女珍奇淫巧无数。久之，以万寿节献秘术十四。帝大悦，将复用矣。会御史汪汝正籍罗龙文家，上宗宪手书，乃被劾时自拟旨授龙文以达世蕃者，遂逮下狱。宗宪自叙平贼功，言以献瑞得罪言官，且讦汝正受赃事。帝终怜之，并下汝正狱。宗宪竟瘐死，汝正得释。万历初，复官，谥襄懋。
胡宗宪主持的抗倭斗争，是他人生中最大的亮点。他所表现出的胆略和智谋的确可圈可点，称得上是一位能臣，也是一个不可多得的人才。但是他交结权贵、趋炎附势、挥霍无度，也使他的人品备受争议。世宗的为人行事一向不能以常理来推断，他给了这个问题一个简单干脆的答案，就是:能重用，但对曾经做错的事也要付出代价，尤其是触犯皇权的行为，更要严惩。世宗对胡宗宪屡次保全，让他尽展其才。胡宗宪大功告成之日，也就是他的厄运降临之时。
胡宗宪的死，虽然是政治斗争的结果，但是这也是他自己亲手埋下的祸根。 困扰明王朝多年的倭患终于在胡宗宪的手中得到控制，这对胡宗宪的才干来说是最大的肯定，但他的为人的确不够光明磊落。首先，胡宗宪与赵文华及严氏父子有着千丝万缕的关系。其次，胡宗宪侵吞军饷、生活奢侈，好色，这是不争的事实。胡宗宪通过在浙江加派提编等额外税赋和请求留存浙江盐银等手段，聚敛了数额巨大的钱财，有总督银山之称。其中，有一些花费是用在招抚倭寇上。以胡宗宪微薄的俸银根本无法维持如此奢靡的生活，他的所作所为自然会引起朝中大臣们的非议。胡宗宪成为众矢之的，也就不足为怪了。
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